Tenta in bioinformatics 2000

Tentamen in bioinformatik 2000

Introduktion:

Tentamen �ger rum i sal 4V den 8/12 2000 mellan klockan 09:00 och
12:00. Inge hj�lpmedel annat �n papper och penna �r till�tna. Skriv
inte f�r l�nga svar, f�r fr�gor v�rde 4p s� r�cker det med ca 1 A4
sida och f�r fr�gor v�rda 2p med en halv. F�r godk�nt beh�vs 15 p
(50%) och f�r VG 22.5 (75%). Notera att VG ges bara p� hela kursen och
att G �r n�dv�ndigt f�r att f� hela kursen godk�nd.


-----

- Beskriv hur dynamisk programmering fungerar igenom att beskriva hur man 
fyller i matriesen. Beskriv skillnaderna man g�r f�r lokala och globala
upplinjeringar. (4p)


- Hur fungerar GOR-III metodern f�r sekund�rstrukturprediktion, varf�r
  �r den b�ttre �n Chou-Fassman (3p)

- Genom mapping och linkage analys, har du identiferat en del av en
  chromosom som �r kandidat till att orsaka cancer.  Igenom att
  sekvensera denna del s� finner du tv� intilliggande paraloger som
  h�rstammar fr�n en gemensam gen.  S�kning i GenBank visas endast en
  homolog i mus.  Beskriv (p� engelska) hur du ska ta reda p�
  funktionella likheter och olikheter mellan tv� humana generna och
  mus genen. (4p)


- Ge en �versiktlig beskrivning av metoden TMHMM f�r prediktion av
  membranproteiners topologi. F�r ungef�r hur stor procent av alla
  'helix-bundle' membranproteiner ger TMHMM r�tt topologi? (4 po�ng)

- Beskriv hur veckningsigenk�nningsmetioden GenTHREADER (av David
  Jones) fungerar. (4p)


- S�g att du har f�tt en DNA-sekvens (och dess motsvarande
  proteinsekvens) f�r en f�rmodad ny human gen. Vilka tre databaser
  skulle du f�rst s�ka i f�r att f� en uppfattning om vad det kan vara
  f�r gen? F�rklara varf�r du v�ljer just de databaserna. (3p)


- Finn minst tre exempel p� intressanta m�nster i f�ljande multipla
  alignment (anv�nd den givna numreringen ovanf�r sj�lva sekvenserna), och
  ge en m�jlig orsak f�r varje m�nster du ser. (3p)

              0        1         2
              123456789012345678901234567

TYY1_HUMAN    YVCPFDGCNKKFAQSTNLKSHILT..H 
KRUP_DROME    YTCE..ICDGKFSDSNQLKSHMLV..H 
YKQ8_CAEEL    YKCT..VCRKDISSSESLRTHMFKQHH 
ZFA_MOUSE     FKCD..ICLLTFSDTKEVQQHALV..H 
BASO_HUMAN    FQCD..ICKKTFKNACSVKIHHKN.MH 
SFP1_YEAST    FKCPVIGCEKTYKNQNGLKYHRLH.GH 
CF2_DROME     HKCP..DCPKTFKTPGTLAMHRKI..H 
P43_XENBO     HSCPTAGCKMTFSTKKSLSRHKLY.KH 


- Ge tv� exempel p� j�mf�relser mellan tv� organismer som kan g�ras n�r
  man har de hela genomen f�r dem, men som �r sv�ra eller om�jliga utan,
  och f�rklara varf�r. (2p)

- Strukturell likhet mellan tv� proteiner eller dom�ner betyder inte
  n�dv�ndigtvis att dessa har liknande funktion. Diskutera hur
  resultaten fr�n en veckningsigenk�nnings ("fold
  recognition"/"threading") s�kning skall tolkas med utg�ngspunkt fr�n
  funktion (3p)

Summa: 30 p